以基尔·洛伦兹为首的Seele组织于1947年发现了死海文书，并通过破解它了解到关于使徒和补完的信息，并以此制订了人类补完计划，同时设立了用于具体执行的特殊机关Gehirun组织（Nerv组织的前身）。
Seele的成员遍布世界，其中包括本作的核心人物之一：碇唯（主角真嗣的母亲），她在1999年的研究报告引起了生物学教授冬月耕造的注意，也结识了同校的另一名学生：六分仪源堂（真嗣的父亲），二人迅速开始交往并结婚，六分仪源堂入赘，改名为碇源堂。
2000年8月，Seele在南极发现了沉睡的亚当，随即派出以葛城博士（美里的父亲）为首的南极科考队进行研究，亚当的存在也证明了博士曾经提出的S2机关理论；与此同时，Seele从死海中打捞出朗基努斯之枪，将其运往南极，准备下一阶段的实验。
2000年9月13日，南极科考队将人类的双螺旋基因注入到亚当体内导致其暴走，即使是朗基努斯之枪也无法阻止。苏醒的亚当化身为白色巨人，张开的翅膀遮天蔽日，巨大的爆炸让南极化为血海，席卷全球的次生灾害导致半数人类丧生，甚至造成了海平面上升和地轴偏转，日本因此处于全年夏天。这场堪比恐龙灭绝的浩劫被人们称为第二次冲击（Second Impact）。
2001年，碇源堂和碇唯的儿子碇真嗣诞生，明日香·兰格雷等EVA驾驶员也在这一年出生，故事进入下一阶段。
2003年，联合国完成了南极事件的调查，Seele也发现了位于箱根地下的莉莉丝，并利用当初黑之月降临产生的巨大空洞建造了一座地下都市，作为人工进化研究所的基地，Gehirun的成员也都转移到这里。冬月教授曾追查到此地，得知真相后决定协助碇源堂完成计划。
与此同时，Seele开始模仿亚当制造人形兵器EVA。经过无数次的实验，终于制造出一台没有灵魂的原型机，也就是EVA零号机。随后Seele切下了莉莉丝的半身，并将其改造为EVA初号机，碇唯作为计划的主要负责人参与了整个事件。
2004年，碇唯进行了初号机启动实验，然而实验失败了，碇唯的灵魂和初号机融合，肉体彻底消失，碇源堂尝试各种方法也没能挽回。年幼的真嗣目睹了一切，但由此产生的心理障碍反而让他失去了这段记忆。
2005年，走出失语症的葛城美里进入了第二东京大学，并结识了赤木直子博士的女儿赤木律子，随后又和加持良治相识并恋爱。与此同时，Seele开始在空洞上方的地表建造迎击使徒专用要塞都市：第三新东京市。
2008年，赤木直子博士完成了超级人工电脑MAGI的基础理论。律子也跟随母亲的脚步加入研究所，成为主要执行人。次年，美里也加入了研究所。另一边，碇源堂正在利用碇唯的DNA制造复制人绫波丽，并将莉莉丝的灵魂封入其中，为补完计划做准备。
2010年，MAGI完成的当天，碇源堂带着第一代绫波丽来到研究所，赤木直子在受到其言语挑衅后失控掐死了一代丽，自己随后跳楼自尽。人工进化研究所在此次事件后改编重整为Nerv组织，葛城美里担任作战部部长，赤木律子担任技术部部长。
2012年，真嗣在参拜碇唯的陵墓时和碇源堂爆发冲突，自此离家出走，前往亲戚家寄宿，再也没有和父亲见面。2014年，二代绫波丽转学进入新第三东京市立第一中学二年级A班，铃原冬二、相田剑介等EVA驾驶员候补也在同一班级。
2015年，第三使徒萨基尔（水天使）为了与亚当融合而袭击第三新东京市，真嗣也在碇源堂和美里的引导下来到Nerv总部，成为初号机的驾驶员，EVA的故事由此开始。
