故事描述的是一个有关“第二次冲击”的记事。公元2000年有颗巨大的陨石坠落在南极冰山附近（政府宣称），高温造成部分冰块溶化，连带使得全球水位上涨， 接下来的天灾人祸更是连绵不断，公元2015年又出现了新的入侵者，一种似人的巨大机械战斗群，人们将之称为”使徒”，大概是影射他们是上帝派来的使者，要来消灭作恶多端的人类吧。

人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此，当时地球的政治中心决定重用NERV这个组织，他们以最精密的技术， 花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”，这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制EVA。

不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能自由的驾驶EVA。驾驶人选一直是NERV最头疼的地方，除了符合条件的人难觅，而且还必须经过几个月训练才能和EVA达到同步活动的基本能力。 而后，在世界上发现了3名可以驾驶EVA的少男少女，人们把希望都寄托在了他们身上。